ในปี ค.ศ. 2045 โลกมนุษย์ที่อยู่ท่ามกลางยุคดิจิตอลที่มนุษย์ทุกๆคนต่างก็ล้วนใช้งานแอปพลิเคชันผ่านสมาร์ทโฟนในชีวิตประจำวันกันอย่างแพร่หลายนั้น จู่ๆก็มีแอปพลิเคชันจำนวนมากมายที่มีความรู้สึกนึกคิด สามารถเคลื่อนไหวได้อย่างอิสระและเป็นตัวเชื่อมระหว่างมนุษย์และโลกอินเทอร์เน็ท โดยเรียกแอปเหล่านั้นว่า "แอปพลิมอนสเตอร์" หรือเรียกสั้นๆ ว่า "แอปมอน"

เรื่องราวของ ชินไค ฮารุ เด็กชายมัธยมต้น ผู้ชื่นชอบการอ่านนิยายและชื่นชอบตัวเอกที่นิยายที่ได้อ่านแต่ในชีวิตจริงกลับเป็นคนที่มีปัญหาในด้านความกล้าและความมั่นใจ วันหนึ่งได้พบกับ กัตช์มอน แอปมอนประเภทค้นหาปรากฏต่อหน้าสมาร์ทโฟนของฮารุ ทำให้ทั้งสองต้องเผชิญหน้ากับภัยร้ายของ ลิเวียธาน สุดยอดปัญญาประดิษฐ์ผู้สร้างไวรัส เรื่องราวของโลกทั้งสองได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว